Woher das Rutengehen eigentlich kommt, darüber können nur Mutmaßungen angestellt werden. Einige Thesen ziehen in Betracht, dass das Rutengehen ausschließlich zur Auffindung von Wasser diente, um Brunnen bauen zu können. Es wäre jedoch auch möglich, dass Bauern und Hirten das Rutengehen erfunden haben, um sich vor Plätzen mit schlechten Energien schützen zu können, die heute als sogenannte Störquellen oder Störfelder bekannt sind. Zu den Störquellen zählen unter anderem Wasseradern, die auch zum Brunnenbau genutzt werden können, Erdverwerfungen, Erdstrahlungen, Currygitternetze und viele andere. Es wird vermutet, dass die Bauern glaubten, dass sich die Störquellen negativ auf die Ernte und das Vieh auswirken. Eines ist allerdings gewiss: Rutengänger gibt und gab es in allen Kulturen.

Die Wünschelrute war bereits 6000 v. Chr. ein wichtiges Instrument, um Wasserquellen ausfindig zu machen. „Da nahm Moses, wie ihm geboten war, den Stab, der vor dem Herrn lag“, steht in der Bibel geschrieben. Dieser Satz ist ein wichtiger Hinweis darauf, dass die Wünschelrute bereits in diesem Zeitalter eingesetzt wurde. Die Wünschelrute soll 15.000 Jahre alt sein. Vermutlich ist sie sogar noch viel älter.

Im 17. Jahrhundert gab es die erste Anleitung zur Handhabung der Wünschelrute, die durch den Jesuiten Athanasius Kircher verfasst wurde. Er war der Erfinder des Organum mathematicum. Dichter, Denker und Gelehrte wie zum Beispiel Wolfgang von Goethe, Albert Einstein und Max Plank interessierten sich für das geheimnisvolle Rutengehen. Im Jahre 1922 hatte Dr. Albert Abrams, ein amerikanischer Pathologe, das erste Buch zum Thema Wünschelruten und Pendel geschrieben und leistete somit einen wichtigen Schritt in Richtung der sogenannten Radiästhesie. Ins Deutsche übersetzt bedeutet Radiästhesie „Strahlenwahrnehmung. Dieser Begriff wurde von Abt. Mermet Bouly von Hardelot, einem französischen Priester, in den 1930er Jahren geprägt.